Kể từ khi ra mắt đến nay, đã có 4 nhóm nhỏ chính thức của Super Junior được thành lập. Ngoại trừ Kibum, tất cả các thành viên khác đều được đặt vào ít nhất một nhóm nhỏ nào đó. Mục đích tạo nên các nhóm nhỏ là một phần trong chiến lược của SM Entertainment, để không giới hạn hoạt động của Super Junior trong khi vài thành viên khác lại có thể tập trung vào những hoạt động cá nhân của mình.[119][120] Ngoài ra, mục đích tạo nên các nhóm nhỏ cũng là để cho thấy Super Junior có khả năng theo đuổi và trình diễn nhiều thể loại âm nhạc khác nhau. Chiến lược này sau đó đã được dư luận đánh giá tốt khi nó có ảnh hưởng đến một lượng lớn các nhóm nhạc khác cũng muốn tạo nên những nhóm nhỏ giống như vậy.[121]

Super Junior - K.R.Y

• Kyuhyun, Ryeowook, Yesung

Super Junior - T

• Leeteuk, Heechul, Shindong, Sungmin, Eunhyuk

Super Junior-M

• Sungmin, Eunhyuk, Siwon, Zhou Mi, Donghae, Ryeowook, Kyuhyun

Super Junior-Happy

• Leeteuk, Yesung, Shindong, Sungmin, Eunhyuk

Super Junior-D&E

• Donghae, Eunhyuk

Bài chi tiết: Super Junior-D&E

Các nhóm khác

SM the Ballad

Thành viên gồm Kyuhyun, cùng với TRAX Jay, Shinee Jonghyun, và ca sĩ mới Jino. Hiện nay đang tạm ngừng hoạt động do Super Junior và SHINee bận rộn với các kế hoạch riêng, còn Jay của TRAX đang thực hiện nghĩa vụ quân sự trong vòng 2 năm.

Vào ngày 3 tháng 2 năm 2014, S.M. Entertainment tiết lộ rằng Changmin của TVXQ, Yesung của Super Junior, Zhang Li Yin, Kim Tae-yeon của Girls' Generation, Zhou Mi của Super Junior-M, Krystal Jung của f(x) và Chen của EXO (EXO-M) sẽ được gộp lại thành một nhóm để phát hành album mới cùng với thành viên ban đầu là Jonghyun của SHINee.

M&D

Thành viên gồm Heechul (M - Midnight) và TRAX Jungmo (D - Dawn). Nhóm phát hành đĩa đơn đầu tiên và duy nhất có tên Close your mouth (뭘봐 "Nhìn gì?") vào tháng 6, 2011 trước khi tuyên bố tan rã vào tháng 7, 2011 sau 1 tháng hoạt động.

Younique Unit

Đây là một nhóm nhạc dự án được thành lập bởi SM Entertainment. Nếu như SM the Ballad là một nhóm dự án với sự tham gia của các thành viên hát hay từ các nhóm nhạc của SM, thì Younique Unit lại bao gồm những thành viên nhảy giỏi. Thành viên gồm:

• Super Junior Eunhyuk
• Super Junior-M Henry
• Girls' Generation Hyoyeon
• SHINee Taemin
• EXO-K Kai
• EXO-M Lu Han

MV chính thức của nhóm được phát hành vào ngày 30 tháng 10, 2012 thông qua kênh youtube chính thức của SMTOWN. Tuy nhiên, bài hát này đã từng được Eunhyuk, Taemin và Kai biểu diễn tại liên hoan âm nhạc cuối năm 2011 của kênh KBS.